En el muestreo isocinético de contaminantes las pruebas deben ser realizadas bajo condiciones representativas de operación de la fuente a evaluar, de acuerdo a los métodos de referencia adoptados por el Ministerio de Ambiente Vivienda y Desarrollo Territorial:

• Toma de muestras para determinar contenido de humedad de los gases, Método EPA 4 (Método de referencia y de aproximación).
• Toma de muestras para determinación de Material Particulado, Métodos EPA 1 al 5.
• Toma de muestras para la determinación de Dióxido de Azufre SO2 y niebla de ácido sulfúrico, Método EPA 8.
• Toma de muestras para la determinación de Dioxinas y Furanos, Método EPA 23.
• Toma de muestras para determinación de Haluros de Hidrógeno y halógenos, Método EPA 26A.
• Toma de muestras para determinación de metales pesados Método EPA 29.